应用示例

Protomia 支持丰富的计算化学工作流。以下示例展示了你可以在 Aitomistic Hub 上完成的常见任务。

支持的计算类型

Protomia 支持 Aitomia 预印本 中介绍的各类计算，包括单点计算、几何优化、频率与热化学分析、过渡态搜索、UV/Vis 光谱、拉曼光谱和红外光谱——分子动力学、ML 模型训练和主动学习等功能即将推出。

通过操作按钮快速访问

Protomia 为选定的 XYZ 结构文件提供便捷的操作按钮。将结构文件拖入聊天框，选择模拟类型和计算方法，Protomia 会自动生成对应的提示词。

选择工作目录

你可以将多个文件夹拖入聊天框，并指定其中一个作为计算的工作目录，从而将输入、输出和日志统一管理在同一个项目文件夹下。

分析计算结果和文件

你可以请求 Protomia 分析计算结果、文件及文件夹内容。将日志文件拖入聊天框并发出分析请求，Protomia 会解析输出内容、汇总关键结果，并标记潜在问题。

反应能量与热力学

更复杂的工作流同样受到支持，例如反应能量和热力学计算。将相关文件夹附加到聊天中，向 Protomia 提问，它将自主完成所有必要的计算。一个实用亮点是：Protomia 会生成一个包含各项能量和反应能量的 Excel 表格，为进一步分析和结果核查提供现成的起点。

方法知识问答

Protomia 让你能够更便捷地获取 MLatom 及其众多功能（如 AIQM 方法和激发态模拟）的相关知识。无需翻阅教程，直接向 Protomia 询问某种方法的使用方式或论文引用格式。它会提供可直接使用的输入示例和原始资料链接，方便你核实回答并深入学习。

聊天历史

Protomia 保存完整的聊天历史，你可以随时浏览以回顾之前的计算，查看历史操作，甚至重新启动工作流——从上次中断的地方继续进行。

将聊天保存为 Markdown

点击保存图标，即可将任意对话导出为 Markdown 文件。在项目文件树中选择目标文件夹，Protomia 将生成包含完整对话内容的结构化 .md 文件。